Biomedical Databases

• Biomedical Databases Parsers
  • cancerGenomeInterpreterParser.py
  • corumParser.py
  • disgenetParser.py
  • drugBankParser.py
  • drugGeneInteractionDBParser.py
  • exposomeParser.py
  • foodbParser.py
  • goaParser.py
  • gwasCatalogParser.py
  • hgncParser.py
  • hmdbParser.py
  • hpaParser.py
  • intactParser.py
  • jensenlabParser.py
  • mutationDsParser.py
  • oncokbParser.py
  • pathwayCommonsParser.py
  • pfamParser.py
  • pspParser.py
  • reactomeParser.py
  • refseqParser.py
  • siderParser.py
  • signorParser.py
  • smpdbParser.py
  • stringParser.py
  • textminingParser.py
  • uniprotParser.py

databases_controller.py

parseDatabase(importDirectory, database, download=True)

generateGraphFiles(importDirectory, databases=None, download=True, n_jobs=4)